《Collar×Malice -deep cover-》

20XX年。

謎の組織【アドニス】による連続凶悪事件が、新宿の街で立て続けに起こる。

――通称【X-Day事件】。

危険な街となってしまった新宿で、地域の安全のために日々奔走していた警察官の【星野市香】は、

ある夜、何者かに襲われ、毒が内蔵された首輪をはめられてしまう。

混乱する星野は、独自で【X-Day事件】を追う元警察組織所属の男性たちと共に捜査をすることに。

そのさなか、新宿区から流出した拳銃絡みの新たな事件が発生し、

捜査指揮を執るために警視庁から監察官が派遣された。

彼の名は、【拾和ミツル】。

様々な想いが交錯する中、星野たちは事件に立ち向かうことになるが――