《Mission-E》

在第二季中，Mission-E是CODE-E的续集，时间设置在最后一个事件发生于CODE-E的五年后。

而主角换成和千波美已起在OZ工作的君冢麻织。

OZ是一个与TYPE-E能力者有好的组织。

“Foundation”是与OZ对立的组织，主要是负责隔离病控制TYPE-E能力者。

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第1话

新人OLの美晴は最近、身の周りの携帯電話やパソコンが訳もわからず壊れてしまうトラブルに見舞われている。まだ入社2ヶ月の会社でも周囲の目は冷たい。そして何やら帰り道に怪しい気配を感じる事もしばしば。ある夜、後をつけて来た見知らぬ男達に突然誘拐されそうになる・・・と、その時!光るリフレイ・ドレスに身を包んだ超人的な身のこなしの二人の女性が現れる!!
第2话

今回の千波美達の任務はある全寮制女子校へ潜入捜査する事に。冷たい眼差しの麻織を尻目に制服を着てすっかり女子高生気分の千波美はウキウキ?とんでもなくお嬢様学校な様子に戸惑いながらもどうやら毎月行われている健康診断が怪しい事を突き止めた。物々しく警備されたレントゲン車の中には驚きのデータが・・・!!
第3话

15歳の女子中学生・神崎京子を調査する事になった千波美と麻織。京子の母親は安満沢村に住んでいた事がある。そしてどうやらタイプE事象は自宅で発現するらしい。何故自宅で発現するのか? 彼女の自宅で近辺で調査を始める千波美と麻織。早速立場を隠して彼女に接近を試みるがそこにはやはり例の組織の影があった!
第4话

リフレイ・ドレスについての意見交換会の為に北海道に来た麻織。ここにはOZ(オズ)の研究所があり、光太郎が主任として働いている。そしてそこには恥ずかしそうに照れた千波美がいた。歓迎バーベキューパーティーで和気あいあいの二人に対して半ば呆れ顔で素っ気ない麻織。だが彼女が不機嫌に見えるのはそれだけの理由では無いようだ。その夜、なかなか寝付けない麻織が外へ出ると車で出かける光太郎の姿があった。
第5话

その能力故か学園生活に馴染めない麻織。だがふとしたきっかけで戸隠さんと寄り道の約束をする。しかし任務で敢え無く断る事に。園美の話によるとOZに保護を求めるType-Eが大阪にいるらしく、早速二人は現地へ向かう・・・が、新幹線の向かいの座席には何故か千波美の父親・啓介が座っている。白け顔で二人と距離を置く麻織を尻目に仲良く親子は携帯電話のデータを交換し合い別れるのだったが・・・
第6话

麻織が突然行方不明に!慌てふためく千波美は園美へ連絡をするがパニックで手がつけられない。翌日も消息が掴めぬまま自分たちのドタバタがニュースで報じられるのを見て一層落ち込んでいると携帯電話に父・啓介からの連絡が入った。なんと啓介の知り合いに大阪の隅々までを熟知する男がいるという。「その人、紹介してッ、お父さん!!」果たして麻織は無事救出されるのか!?
第7话

麻織は大阪の一件以来何となく元気がない。そして「アルファー」と名乗る自称ハッカーとの接触に失敗した事を千波美のせいにするが何故か園美達はそれを認めない。メンバーから孤立したような疎外感を味わう麻織の心の拠り所は唯一、愛犬ろろ太だけだった。
第8话

朝、学校の校門で千波美が待ち伏せしているのに気付いた麻織は学校とは逆方向へ行ってしまう。彼女はOZを飛び出して来たのだ。さてどうしようかと考えているその時、以前公園で出会った不思議な雰囲気のドイツ人が車で通りかかった。どこか互いに同じ空気を感じ二人はひと時のデートを楽しむのだった。
第9话

OZの本部で千波美と麻織がトレーニングに励む様子を見守る園美と丙牛郎。麻織の素晴らしい能力に隊員達からは感嘆の声が漏れる。しかし園美は、彼女の自分本位の動きに対して自分の事だけを考えて動くのではなくパートナーである千波美と連携する事が必要だと言う。そしてそれは千波美も感じていたのだった。
第10话

母校で数年ぶりに語らう小松菜さんと千波美。小松菜さんはここで保健の先生として勤務しているのだ。懐かしい話題で盛り上がり、光太郎との仲を聞かれて照れてしまう。そして小松菜さんのテキパキとした教諭としての仕事ぶりを見ながら何か意を決したようだ。一方麻織は新型リフレイドレスの実験でOZの研究室に光太郎と共にいたのだった。
第11话

12月のある日、OZの施設内でクリスマスパーティーを行う事になった。千波美と光太郎の関係にヤキモキした園美が音頭を取り、クリスマスパーティーにこじつけて二人の婚約パーティーを行うと言うのだ。楽しそうなその最中、光太郎はTYPE-E能力の研究を通じて派生した利用法についてある男に語るのだった。果たしてその相手とは・・・そして、彼らが知らないところである策略が動き出していた!
第12话

クリスマスで賑わう街に一斉に異変が起きた。運命は・・・対立か?共存か!? 人類にアカルイミライはあるのか!?