《攻壳机动队ARISE border:3 Ghost Tears》

恋人の義体技師ホセと逢瀬を交わす草薙素子の元に仲間となったバトーから西ノ内のビルで起きた爆弾テロの急報が届く。

現場に急行し制圧するとテロリストたちはファイア・スターターと噂される超ウィザード級ハッカーにより偽の記憶が植え付けられ、更に主犯のカルディス人の胸にはかつてクザン共和国で起きたカルディス人独立戦争の英雄“スクラサス”のシンボルマークであるティアドロップ・ダガーの刺青が刻まれていた。

それを見た素子は「スクラサスは戦争中に死んだはず」と断言する。

同じ頃、山の手のダムで起きた爆発でひとりの刑事が殺されていた。

その所持品には“人魚の脚（MERMAID’S LEGS）”という店名の名刺と、“エアリアル”というタグのついた義体の脚部が遺されていた。

事件を捜査する新浜県警の刑事トグサは、クザン共和国水企業の代表者サイードにたどり着く。

会議場の爆発物はなにか？

ファイア・スターターの正体とは？

ふたつの事件が交錯するとき、蘇ったスクラサスの狙いが明らかになる――。